Сайт кафедры биофизики физического факультета МГУ

Медиа

Попцова Мария Сергеевна

Poptsovaн.с.

Email: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.
Телефон: +7 (495) 939-11-95
Комната: 5-68b

 

Web-site: http://dnapunctuation.org/~poptsova

 

В 1995 году окончила кафедру биофизики физического факультета Московского государственного университета им. М.В.Ломоносова. В 1993 году училась в Амстердамском университете в группе клеточной биофизики Института нейробиологии.

 В 1997 году основала компанию Janus Systems (janussys.ru), работающую в области математической лингвистики, в частности, занимающуюся разработкой алгоритмов машинного перевода и созданием многоязычных словарей. Издатель мультимедийного англо-русского иллюстрированного словаря «Янус» (2002).

В 2004 году защитила кандидатскую диссертацию “Трансформация автоволн в локально неоднородных активных средах” (кафедра биофизики физического факультета МГУ).

 С 2005 по 2009 работала на факультете молекулярной и клеточной биологии Коннектикутского университета (Molecular and Cell Biology Department, University of Connecticut). Работала по гранту НАСА в рамках программы Applied Information Systems Research (AISR) program (http://aisrp.nasa.gov/ ). Участвовала в разработке алгоритмов по обработке больших массивов данных (в применении к биологическим системам) и реализации данных алгоритмов методом параллельных вычислений на кластерных системах (параллельных суперкомпьютерах) на основе Unix.

 С 2010 по 2011 работала в Институте вычислительной биомедицины Корнелльского университета (Institute for Computational Biomedicine, Cornell University). Разрабатывала алгоритмы вычисления степени влияния CNVs на биологические пути. Занималась анализом данных секвенирования второго поколения с целью выявления эндогенных причин разрыва генома при агрессивных формах раковой опухоли.

C октября 2012 года – научный сотрудник кафедры биофизики.

C 2010 года член программного комитета международного симпозиума по биоинформатическим исследованиям и приложениям (ISBRA, International Symposium on Bioinformatics Research and Applications).

Рецензент международных научных журналов Bioinformatics, BMCGenomics, Nucleic Acid Research, DNA Research, PloS Computational Biology, PloS ONE, Genes

Книги и главы в книгах

"Genome Analysis: Current Procedures and Applications", ed. Maria Poptsova, готовится к публикации в 2013 году в английском издательстве Horizon Scientific Press.

Larionov, S. A., A. Loskutov, M. S. Poptsova, S. D. Rybalko and E. V. Ryadchenko. Visual Genomics., chapter in “Dynamic models of the processes in the cell and subcellular nanostructures” (Eds. A. Rubin and B. Riznichenko), RHD, 2010 (in Russian)

Poptsova M. Testing Phylogenetic Methods to Identify HGT, chapter in "HGT in Flux" (Eds. M. Gogarten, L. Olendzenski and JP Gogarten), Humana Press, 2008.

Poptsova M. Computational Techniques for Orthologous Gene Prediction in Prokaryotes. Chapter 9 in "Computational Methods for Understanding Bacterial and Archaeal Genomes" (eds. Y.Xu and J. P. Gogarten), World Scientific Publishing, 2008.

 

Избранные публикации

Fenglou Mao, David Williams, Olga Zhaxybayeva, Maria Poptsova, Pascal Lapierre, J Peter Gogarten, Ying Xu (2012)  Quartet decomposition server: a platform for analyzing phylogenetic trees. BMC Bioinformatics 13:123

Rybalko S, Larionov S, Poptsova M, Loskutov A. (2011) Intermittency as a universal characteristic of the complete chromosome DNA sequences of eukaryotes: from protozoa to human genomes. Phys Rev E Phys. Rev. E 84, 042902.

Poptsova MS, Gogarten JP (2010) Using comparative genome analysis to identify problems in annotated microbial genomes. Microbiology 156, 1909-1917;

Poptsova MS, Larionov SA, Ryadchenko EV, Rybalko SD, Zakharov IA, et al. (2009) Hidden Chromosome Symmetry: In Silico Transformation Reveals Symmetry in 2D DNA Walk Trajectories of 671 Chromosomes. PLoS ONE 4(7): e6396.

Poptsova MS, Gogarten JP (2007) BranchClust: A phylogenetic algorithm for selecting gene families. BMC Bioinformatics 8:120

Poptsova MS, Gogarten JP (2007) The power of phylogenetic approaches to detect horizontally transferred genes. BMC Evolutionary Biology 7:45