Накопление тромбоцитов в месте повреждения кровеносного сосуда регулируется целым рядом факторов. Одним из них является концентрация растворенных в плазме крови белков-ферментов и низкомолекулярных веществ, которые могут как участвовать в инициации и поддержании свертывания плазмы крови, так и вызывать определенные изменения в тромбоцитах. Неоднородность распределения внутри тромба растворимых агонистов, которые индуцируют различные типы реакций тромбоцитов, включая активацию интегрина и секрецию гранул, по-видимому, является одним из важнейших факторов, определяющих динамику роста тромба. Коллектив авторов, включающий сотрудников, студентов и выпускников кафедры биофизики, под руководством к.ф.-м.н. Д.Ю. Нечипуренко разработал двумерную компьютерную модель формирования микрососудистого тромба, позволяющую рассчитать динамику распространения агонистов тромбоцитов внутри тромбоцитарного агрегата.
Чтобы смоделировать растворимые активаторы тромбоцитов, авторами был использован метод Ланжевеновской динамики с большим количеством виртуальных частиц. Используя имеющиеся данные о кинетике секреции плотных гранул тромбоцитов, авторы работы моделируют дегрануляцию тромбоцитов как стохастический процесс, зависящий от растворенных в плазме крови агонистов. Новая модель качественно воспроизводит повышенное образование тромбов из-за секреции плотных гранул в соответствии с данными, полученными in vivo, и демонстрирует механизм удержания тромбина на ранних стадиях образования сгустка. Результаты опубликованы в серии статей: